Z písemných pramenů vyplývá, že kostel stál v Mostě již před rokem 1258. Roku 1515 postihl Most rozsáhlý požár, při kterém byl zničen i městský kostel. Výstavba současného kostela byla zahájena roku 1517 stavitelem Jörgem z Maulbornu, podle plánů Jakuba Heilmanna ze Schweinfurtu. Kostel je síňové trojlodí s opěráky vtaženými dovnitř, pětiboce uzavřeným presbytářem, s hranolovitou věží v hlavním průčelí a předsíní na severní straně. Po celém vnitřním obvodu včetně presbytáře je vestavěna empora s cennými polychromovanými reliéfy na biblická témata.
V roce 1964 bylo rozhodnuto o likvidaci města Mostu s tím, že kostel Nanebevzetí Panny Marie bude přemístěn do blízkosti bývalého špitálu s kostelem sv. Ducha, pocházejícího z poloviny 14. století. Přesun o 841,1 m se uskutečnil v roce 1975. Pro veřejnost je kostel zpřístupněn od roku 1988. Dodatečně byl vrácen na původní místo 17 m vysoký barokní oltář.
V interiéru kostela je instalována expozice gotického a renesančního umění severozápadních Čech, suterén kostela je využíván jako výstavní prostor.