Počátky muzea v Hradci Králové spadají do roku
1880, kdy bylo založeno městské muzeum. Poprvé byly sbírky otevřeny veřejnosti 1. února 1885 v kapli sv. Václava v domě čp. 33 na Žižkově náměstí.
Dnes je Muzeum východních Čech v Hradci Králové největší regionální muzeum v Královéhradeckém kraji.
K 31. prosinci 2011 je ve sbírce Muzea východních Čech v Hradci Králové evidováno celkem 3 051 233 kusů sbírkových předmětů, včetně předmětů zařazených do doprovodné dokumentace.
Od roku 1993 je součástí muzea též Památník bitvy U Chlumu .Součástí Památníku bitvy 1866 na Chlumu je i Muzeum války 1866, jehož historická část byla otevřena v roce 1936. Nová část muzea byla vybudována v letech 2008–2010 a následně, v roce 2011 byla rovněž zrekonstruována stará muzejní budova, ve které je nyní projekční a přednáškový sál. Dne 31. 3. 2012 byla v muzeu pro veřejnost otevřena nová expozice prusko-rakouské války doplněná o interaktivní a multimediální prvky a svým pojetím zohledňuje všechny věkové a zájmové kategorie návštěvníků.