Ráno 10.6.1942 byly Lidice obklíčeny a celkem 173 mužů starších 15 let bylo shromážděno v zahradě místního statku. Zde byli muži postupně popraveni a pohřbeni v hromadném hrobě. Ženy byly i s dětmi odvezeny do Kladna a o 3 dny později byly matky a děti odděleny. Němci převezli celkem 203 lidických žen do koncentračního tábora Ravensbrück, odkud se jich v roce 1945 vrátilo 143. Jejich 88 dětí, bylo odvezeno do Lodže a následně zavražděno v plynových autech v Chelmnu. Z dětí zavlečených do Říše se po válce podařilo najít pouze devět. Celkem se do Lidic vrátilo 17 dětí. Všechny budovy vesnice včetně kostela byly 10.6.1942. Na území bývalých Lidic neměl zůstat důkaz, že zde kdysi existovaly.
Na přelomu 40. a 50.let 20. století byly v těsné blízkosti vyhlazené vesnice z rozhodnutí vlády a na náklad státu vybudovány nové Lidice. V místech, kde stávaly Lidice staré, byl zřízen památník s muzeem, kde byla mapována historie Lidic, především jejich konec v roce 1942, ale také osudy jejich odvlečených obyvatel.
Od roku 1995 jsou Lidice národní kulturní památkou.