Muzeum vzniklo v roce 1892 jako výraz snahy českých učitelů o uchování a dokumentování historických tradic českého školství a pedagogiky. Patří mezi nejstarší muzea v České republice. Od roku 1991 je státním rezortním muzeem Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy. V roce 1996 se sídlem muzea staly historické budovy ze 14. století: Dům U Zlatého slunce a Dům U Zlatého šífu.
Muzeum je významným badatelským a dokumentačním centrem orientovaným na dějiny českého školství, pedagogiky, učitelstva a vzdělanosti v návaznosti na život, dílo a odkaz J. A. Komenského.
Sbírkový fond tvoří knihovna specializovaná na vývoj českého školství v evropském kontextu, archiv písemností klasiků české pedagogiky (včetně tzv. Slavína), fotoarchiv, sbírka vzácných školních pomůcek včetně školních obrazů, grafických listů, uměleckých tisků, map. Nedílnou součástí je Archiv Přemysla Pittra a Olgy Fierzové.
Pedagogická knihovna J. A. Komenského - oddělení Národního pedagogického muzea a knihovny J. A. Komenského, sídlí na adrese Jeruzalémská 12, Praha 1, je veřejně přístupnou odbornou knihovnou. Pedagogická knihovna se zaměřuje na oblast výchovy, vzdělávání a školství. Své služby nabízí a poskytuje nejen učitelům a studentům pedagogických oborů středních a vysokých škol, ale i studujícím společenskovědních oborů.
Pedagogická knihovna vznikla v roce 1919 a jejím hlavním úkolem bylo přispívat ke studiu pedagogiky a československého školství získáváním knižní a časopisecké literatury vhodné ke studiu pedagogiky a jejích věd pomocných, zejména se zřetelem ke školské reformě. Velký důraz byl kladen na získávání moderní pedagogické literatury zabývající se reformou školství. K těmto zásadám se knihovna hlásí i dnes.
Mezi speciální sbírky patří sbírka učebnic pro základní a střední školy od začátku 19. století a jedinečná sbírka našich i zahraničních slabikářů, učebních osnov, plánů, učebních textů všech vysokých škol bývalého Československa, po roce 1990 především skript pedagogických fakult, dále sbírky pedagogických časopisů od 30. let 19. století do současnosti, sbírkuliteratury pro děti a mládež od konce 18. století po současnost včetně časopisů v Sukově studijní knihovně literatury pro mládež a také sbírku komeniologické literatury.
NPMK bylo na základě Usnesení vlády ČR ze dne 2. března 2011 č. 158 o změně usnesení vlády ze dne 4. května 2009 č. 589 k úpravě pietních míst v Letech u Písku a v Hodoníně u Kunštátu pověřeno vybudováním Památníku romského holocaustu v Hodoníně u Kunštátu.